¿Qué es un alineamiento de secuencias en bioinformática?
Un alineamiento de secuencias en bioinformática es una forma de representar y comparar dos o más secuencias o cadenas de ADN, ARN, o estructuras primarias proteicas para resaltar sus zonas de similitud, que podrían indicar relaciones funcionales o evolutivas entre los genes o proteínas consultados.
¿Qué significado tiene el E Value cómo se interpretan sus valores?
El e-value (Expect) es el número de alineamientos que esperamos para una puntuación (score) X (o superior) en la búsqueda que estamos realizando si la base de datos fuese una colección de letras al azar. El número de alineamientos con un score > S se incrementa linealmente con el tamaño de la base de datos.
¿Qué es el alineamiento de secuencias?
El alineamiento de secuencias puede utilizarse con secuencias no biológicas, como en la identificación de similitudes en series de letras y palabras del lenguaje humano o en análisis de datos financieros. Secuencias muy cortas o muy similares pueden alinearse manualmente.
¿Cuánto tiempo tarda en alinear un par de secuencias?
O dicho de otra forma: si alinear dos secuencias de 300 residuos tardase un segundo, alinear tres secuencias tardaría 300 segundos. Y alinear 10 secuencias tardaría 300 8 segundos (más que la edad del universo). En resumidas cuentas, no podemos resolver el problema del mismo modo que para un par de secuencias.
¿Cuáles son las aproximaciones computacionales al alineamiento de secuencias?
Las aproximaciones computacionales al alineamiento de secuencias se dividen en dos categorías: alineamiento global y alineamiento local. Calcular un alineamiento global es una forma de optimización global que «fuerza» al alineamiento a ocupar la longitud total de todas las secuencias introducidas (secuencias problema ).
¿Dónde encontrar software para alineamiento de secuencias?
Una lista mucho más completa de software disponible, categorizado por algoritmo y tipo de alineamiento, puede encontrarse en el Anexo:Software para alineamiento de secuencias .
