¿Qué es ensamblaje de novo?

El ensamblaje de novo es uno de los procedimientos empleados para reconstruir genomas, principalmente bacterianos. En este artículo se revisan las principales tendencias en la secuenciación y, específicamente, en el ensamblaje de novo.

¿Cómo ensamblar un genoma?

Existen básicamente dos métodos para ensamblar un genoma, ya sea utilizando un genoma de referencia o haciendo un ensamblaje de novo, por otro lado, también se pueden utilizar ensamblajes mixtos con secuencias cortas y secuencias largas, lo que permite corroborar la información entre ambos tipos de secuenciación.

¿Qué es el ensamblaje de genoma?

Al proceso de descifrar la secuencia genómica a partir de pequeños fragmentos de ADN, en conjunto con alguna información adicional disponible, se le denomina ensamblaje de genomas.

¿Qué son los Reads en genetica?

read: lectura (de la secuencia nucleotídica); secuencia. (La traducción depende del contexto.) Secuencia de entre 500 y 1000 nucleótidos obtenida en una secuenciación de ADN.

¿Qué se hace durante el ensamblaje del genoma?

El producto del proceso de secuenciación de un genoma son archivos que contienen información de millones de secuencias de ADN fragmentadas. Para generar una secuencia que represente el genoma completo de un organismo es necesario armarlo, acomodando dichas secuencias mediante un método llamado ensamble de genoma.

¿Qué es anotación funcional?

La anotación funcional es un medio para investigar y clasificar genes y transcritos de acuerdo con la función que realizan en un organismo dado.

¿Qué es cobertura y profundidad?

Se refiere al número de veces que se lee un nucleótido durante la secuenciación. Una mayor profundidad de cobertura aumenta la confianza en los resultados finales. La profundidad de cobertura ayuda a diferenciar los polimorfismos de un solo nucleótido de los errores de secuenciación.

What is de Bruijn sequence?

In combinatorial mathematics, a de Bruijn sequence of order n on a size- k alphabet A is a cyclic sequence in which every possible length- n string on A occurs exactly once as a substring (i.e., as a contiguous subsequence ).

What is F-Fold n-ary de Bruijn sequence?

f-fold n-ary de Bruijn sequence’ is an extension of the notion n -ary de Bruijn sequence, such that the sequence of the length contains every possible subsequence of the length n exactly f times. For example, for the cyclic sequences 11100010 and 11101000 are two-fold binary de Bruijn sequences.

What is the de Bruijn sequence for alphabet size k?

The de Bruijn sequence for alphabet size k = 2 and substring length n = 2. In general there are many sequences for a particular n and k but in this example it is unique, up to cycling.

How does the Eulerian circuit correspond to a de Bruijn sequence?

The Eulerian circuit will correspond to a de Bruijn sequence as every combination of a node and an outgoing edge represents a unique string of length n. The de Bruijn sequence will contain the characters of the starting node and the characters of all the edges in the order they are traversed in.

¿Qué es un read en bioinformatica?

Lecturas o secuencia del ADN continua obtenida de un secuenciador. Es la cobertura o la parte estimada del genoma que ha sido secuenciada.

¿Por qué el contenido de GC en los genes y genomas de las especies bacterianas es un parámetro importante?

Este valor es especialmente útil para valorar la calidad de la secuenciación de una hebra de ADN, puesto que este valor es relativamente constante en cada especie (alrededor de un 46\% en humanos). Una fluctuación alta de este valor indicaría que nuestra muestra ha sufrido algún daño en su secuencia.

¿Qué es un archivo Fastq?

FASTQ es un formato basado en texto para almacenar tanto una secuencia biológica (de nucleótidos por lo general) y sus puntuaciones de calidad correspondientes en formato PHRED.

¿Qué es GC en bacterias?

En genética, GC, Contenido GC o Porcentaje GC (contenido de guanina y citosina) es una característica del genoma de un organismo o de cualquier pedazo de ADN o ARN. Por ejemplo, las Actinobacteria se caracterizan por ser “bacterias de GC alto”.

¿Que nos indica un porcentaje elevado de G C?

G y C denotan guanina y citosina, respectivamente. Expresado generalmente como porcentaje, representa la cantidad de pares Guanina-Citosina en la molécula de ADN o genoma que está siendo investigado.